В 962 году Лондон постигли чума и пожар, которые разрушили Собор Св.Павла, но он был восстановлен в тот же год. В 1087 году Собор вновь был полностью сожжен. На этот раз строительство заняло очень много времени - до 1240 года. Вновь построенное здание было настолько красиво, что его называли "Английский Шартр". Оно было намного большего размера, чем нынешнее, а его шпиль считался самым высоким в Европе, пока его не уничтожила молния в 1561 году.

В 1534 году в Англии произошла протестантская реформа, поводом которой была общеизвестная история брака Генриха ҮIII с Анной Болейн. Собор Св.Павла становится англиканским Кафедральным Собором. Что только не происходило в его стенах! Стол общины (протестанты) во времена правления королевы Марии (дочь Генриха YIII) был заменен на алтарь (католики). При Елизавете I протестанты проповедовали у Креста Павла снаружи Собора, а католические литургии проходили внутри Собора. Когда на трон взошел сын Марии Стюарт Яков I, проповеди у Креста продолжались. Особенно отличился проповедник Джон Донн. Помните известный роман Хемингуэя "По ком звенит колокол"?  Так вот, именно Джону Донну принадлежит эта цитата ..."Нет человека, что был бы сам по себе, как остров; каждый живущий - часть континента; и если море смоет утес, не станет ли меньше вся Европа: меньше - на каменную скалу, на поместье друзей, на твой собственный дом. Смерть каждого человека умаляет и меня, ибо я един со всем человечеством. А потому никогда не посылай узнать, по ком звонит колокол: он звонит и по тебе..."

В 1633 году начались восстановительное работы Собора, - он находился уже в довольно плачевном состоянии. Но его состояние еще более ухудшилось после казни Карла I  и учреждения Английской республики. В нем были размещены всевозможные ремесленные цеха, ночлежки и даже конюшни. После восстановления монархии Карл II предпринял попытку восстановить прежний облик Собора, но Лондон постигла новая беда.

2 сентября 1666 года, спустя год после чумы, которая опустошила почти весь Лондон, в центре города вспыхнул пожар, который пытались погасить в течение четырех дней. "В золу превратилась самая преподобная церковь, одни из самых ранних атрибутов благочестия в христианском мире..."- так записал в своем дневнике один из свидетелей этого большого Лондонского несчастья.

Собор возводили в течение 35 лет с 1675 по 1710 г.г.строительство финансировали за счет специального налога на уголь, ввозимый в лондонский порт. окончательная сумма строительства составила 50 млн фунтов стерлингов (в современном эквиваленте). Первая служба, которая состоялась после завершения строительства была посвящена благодарению за мир после войны между Англией и Францией.